时间来到最终决战的两年后，在本应已迎来和平的地球上，怪兽们再度倾巢而出。与此同时，世界各地相继发生了各种入侵超古代遗迹的事件。而GUTS-SELECT（精英胜利队）也迎来了新的队长——时冈，众人开启了调查。一场关乎宇宙前途命运的鏖战就此拉开序幕。挺身而出的GUTS-SELECT、前来驰援的泽塔奥特曼还有身处战斗中心的特利迦奥特曼的面前出现的是……浑身散发着不祥之气的影之继承者——邪恶特利迦的身姿。为了守护大家的笑容，特利迦奥特曼、GUTS-SELECT的队员们以及夏川遥辉/泽塔奥特曼、伊格尼斯/黑暗特利迦，将一同投身这场光与影的大决战！

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3000万年前，黑暗使世界陷入恐惧。最终光之巨人将黑暗封印到了遥远的宇宙中。光之巨人也用尽了全力，在红色的星球上陷入长眠。时光流转，在地球和…

最后一场战斗已经过去两年了，世界各地已经恢复了和平。然而，当怪物再次开始出现在地球上时，事情并没有平静多久。与此同时，一系列神秘的闯入事件发生在世界各地的超级古代遗迹中。GUTS-SELECT团队由新队长带领，准备展开调查。殊不知，这是一场生死未卜的激战之始。 GUTS-SELECT和泽塔奥特曼在真中剑悟的带领下加入战斗。一个邪恶的身影从阴影中出现：邪恶特利迦，一个继承暗影的邪恶巨人。 为了让大家再次展露微笑，特利迦奥特曼和泽塔奥特曼的人间体夏川遥辉与GUTS-SELECT的新成员以及黑暗特利迦的人间体伊格尼斯将展开一场光与影的终极之战。